Történész, egyetemi tanár, a történelemtudományok doktora, a MTA tagja.

Kászonjakabfalván született, elemi iskoláit Apahidán, középiskolai tanulmányait a kolozsvári Piarista Gimnáziumban végezte, 1926-ban. A kolozsvári I. Ferdinánd (román) Egyetemen, 1930-ban szerzett egyetemes- és román történelem, valamint román nyelv szakos oklevelet.
Tanári pályáját egykori gimnáziumában kezdte, majd Marosvásárhelyen, a Római Katolikus Tanítóképzőben és gimnáziumban tanított.
1941–44 között a csíkszeredai Római Katolikus Főgimnázium igazgatója volt, ebben az időszakban szerkesztette az Iskolai Értesítőt, cikkei jelentek meg az Erdélyi Iskola, az Erdélyi Tudósító és a Székely Nép című lapban. 1944-től katonai szolgálatot teljesített, majd orosz hadifogságba került, 1948 végén szabadult.

1955-től a kolozsvári Tanártovábbképző Intézet tanára, 1956-tól Bolyai Tudományegyetem történelem karának volt a professzora. Az egyesített Babeş-Bolyai Egyetemen a középkori egyetemes történet magyar előadója volt nyugalomba vonulásáig.
1949–1955 között a kolozsvári Kereskedelmi középiskola, majd a Tanártovábbképző Intézet tanára, 1956-tól a Bolyai Tudományegyetem történelem karának volt a professzora. Az egyesített Babeş-Bolyai Egyetemen a középkori egyetemes történet magyar előadója volt nyugalomba vonulásáig.
1990-ben a Magyar Tudományos Akadémia külső tagjává választotta. Doktori disszertációját Anjou királyaink és a két román vajdaság címmel a Ferencz József Tudományegyetemen védte meg 1944-ben.
1993. szeptember 17-én hunyt el, Kolozsváron a Házsongárdi temetőben helyezték örök nyugalomra.

Demény Lajossal közösen kutatták és tárták fel a huszita mozgalom erdélyi elterjedésének és az 1437-es parasztfelkelés okainak ismeretlen adatait. Tanulmányaikat A kolozsvári Bolyai Tudományegyetem (1945–1955) című kötete közölte 1956-ban, A huszita forradalmi mozgalom elterjedése hazánkban, és hatása a parasztok 1437–38. évi felkelésére címmel.

A magyar és a román tudományos kapcsolatok történetéhez készült beszámolója a Kelemen Lajos Emlékkönyvben jelent meg 1957-ben. 1971-ben Csíkszeredában adták ki A Csíki vashámor a XVII. század második felében című tanulmányát, amely a székelyföldi vasipari hagyományokat mutatja be.

A Nürnbergben őrzött okmányok mélyreható elemzése során értékes XVI. századi forrásanyagot tárt fel a Hunyadiak vajdahunyadi uradalmában folytatott gazdálkodásról. Az anyag összegyűjtéséért, illetve feldolgozásáért Nicolae Bălcescu-díjjal tüntették ki, tanulmánya a Román Akadémia gondozásában jelent meg 1973-ban.

Történetírói érdeme a székelység múltjára vonatkozó anyag feltárása. Imreh Istvánnal közösen végzett kutatásainak eredményeként román nyelven az Acta Napocensis 1967, 1969-es múzeumi évkönyvben, valamint magyar nyelven az Aluta 1969 és 1970-es számában jelent meg Udvarhelyszék mezőgazdaságának XVI. századi múltjából készült munkájuk. Ugyancsak közös tanulmányuk A székely falu gazdasági-társadalmi szerkezete a XVI. század végén és a XVII. század elején, amely a Székely felkelés 1595-1596 előzményei, lefolyása, következményei című kötetben jelent meg, 1979-ben.

1981-ben jelent meg Kolozsvári emlékírók 1603–1720 című kötete, több évtizedes kutatásának eredménye, amely Kolozsvár múltjára vonatkozó, kiadatlan emlékiratok közreadásával vált hasznos forráskiadvánnyá.

Demény Lajossal együtt indították útjára a Székely Oklevéltár új sorozatát, a Kriterion Könyvkiadó gondozásában. A sorozat köteteiben az egykori Udvarhelyszék törvénykezési anyagaiból válogattak. Az 1983-ban és 1985-ben megjelent I. és II. kötetet közösen szerkesztették, ugyanakkor az 1994-ben megjelent III. kötet előkészítésében is részt vett.

Batthyány Ignác születésének 250. évfordulója alkalmával, 1991-ben a Csíki Székely Múzeumban szervezett emlékkiállításon, Pataki József méltatta a nagynevű erdélyi püspök munkásságát.

Imreh Istvánnal közösen munkájuk a Kászonszéki krónika 1650–1750 című kötet, amely 1992-ben jelent meg az Európa Könyvkiadó és a Kriterion Könyvkiadó közös gondozásában.

• Anjou királyaink és a két román vajdaság. Kolozsvár, 1944.
• A huszita forradalmi mozgalom elterjedése hazánkban, és hatása a parasztok 1437–38. évi felkelésére. In: Kolozsvári Bolyai Tudományegyetem (1945–1955). Kolozsvár, 1956.
• A magyar és román tudományos kapcsolatok történetéhez. In: Kelemen Lajos Emlékkönyv. 1957.
• Husitské revolucní na uzemí Lid eové republiky rumunkské. In: Mezinarodní ohlas husitsví VIII. Prága, 1958.
• Atitudinea lui Radu de la Afumaţi şi a lui Joan Zápolyan în ajunul luptei de la Mohács În: Studia, 1967.
• Contribuţii la studiul agriculturii Transilvănene 1570–1610. Imreh Istvánnal Acta MVSEL Napocensis, I. II. 1967, 1969.
• Adatok Udvarhelyszék mezőgazdaságához 1570–1610. Imreh Istvánnal. Aluta I., Sepsiszentgyörgy, 1969.
• Legenda és valóság. Korunk 1970/4
• Adatok Udvarhelyszék állattartásához 1570-1610. Imreh Istvánnal. Aluta II., 1970.
• A csíki vashámor a XVII. század második felében. Csíkszereda, 1971.
• Domeniul Hunedoara la începutul secolului al XVI-lea. Bukarest, 1973.
• Tanulmányok a romániai együttlakó nemzetiségek történetéből és testvéri együttműködéséről a román nemzettel. In: Studia, 1976.
• A székely falu gazdasági-társadalmi szerkezete a XVI. század végén és a XVII. század elején. Imreh Istvánnal. In: Székely felkelés 1595–1596 előzményei, lefolyása, következményei. Bukarest, 1979.
• Székely oklevéltár. I–II. Demény Lajossal. Bukarest, 1983, 1985.
• Kolozsvári emlékírók 1603–1720. Bukarest, 1990.  (Fehér könyvek)
• Kászonszéki krónika. 1650–1750. Imreh Istvánnal. Budapest–Bukarest, 1992.
• Székely oklevéltár III. Demény Lajossal és Tüdös S. Kingával. Bukarest, 1994.

• Antal Imre: „Tisztesség adassék” . Csíkszereda, Pallas-Akadémia, 1994.
• Benkő Loránd: Székely oklevéltár. Magyar Nyelv, 1985/4.
• Benkő Samu: Vasipari hagyomány Csíkban. Előre, 1971. november 19.
• Benkő Samu: Pataki József (1908–1993). Erdélyi Múzeum, 1993/3–4.,
• Binder Pál: Megjegyzések a Kolozsvári emlékírók névmutatójához. Helikon, 1991/21.,
• A Csíkszeredai Márton Áron Főgimnázium Évkönyve az 1994-95. tanévről. Csíkszereda, 1995.
• Csucsuja István: Pataki József (1908-1993). In:  Hagyomány és újítás a 21. századi könyvtárban. Kolozsvár, Egyetemi Műhely Kiadó - Bolyai Társaság, 2018. (Erdélyi Évszázadok, a Kolozsvári Magyar Történeti Intézet Évkönyve III.) 251-256 o.
• Dankanits Ádám: A levéltár tett történésszé. Beszélgetés Pataki Józseffel. A Hét 1975/30.
• Demény Lajos: A történész Pataki József emlékére. A Hét 1993/43.
• Egyed Ákos: Székely oklevéltár. Utunk, 1983/27.
• Egyed Ákos: Háromszék egy évszázada. Háromszék, 1993/8.
• Fodor Sándor: „Vidéki” kiadvány. Utunk 1971/48.
• Fügedi Erik: Domeniul Hunedoarei… Agrártörténeti Szemle, 1976/3–4.
• Heckenast Gusztáv: A Csíki vashámor. Századok, 1974/3.
• Imreh István: Új székely oklevéltár. Korunk, 1983/9.
• Imreh István–Pataki József: Kászonszéki krónika 1650–1750. Budapest–Bukarest, 1992.
• Kelemen Lajos Emlékkönyv. Bukarest, 1957.
• Miklós László: Forrás nélkül történelmet nem lehet művelni. Romániai Magyar Szó, 1990. július 24.
• Miklós József: Csíki Lexikon. Csíkszereda, 2004.
• Pataki József: Ezt tettem. (1990). In: A Csíkszeredai Márton Áron Főgimnázium Évkönyve, az 1994–1995 tanévről. Csíkszereda, 1995. 49-51 o.
• Romániai magyar irodalmi lexikon. Online változat
• Ruffy Péter: Húszezer családnév a XVII. század elejéről. Magyar Nemzet, 1976. augusztus 24.
• Szőcs János: Pataki József, a történetíró. Hargita Népe, 2008. december 20.
• Wolf Rudolf: Újabb „fehér könyv” - ezúttal a régi Kolozsvárról. Erdélyi Múzeum, 1991/1–4.

Online források:

Pataki József (1908–1993) kézirathagyatéka. Összeállította Kovács Klára, Patkó László. Transindex Adatbank . Történelmi források. Kézirathagyatékok

A csíkszeredai Márton Áron Főgimnáziumban 1995. március 17-én Pataki József tiszteletére tudományos ülésszakot szeveztek, emléktáblát avattak. (Borsodi László: Így ünnepeltünk, emlékeztünk...In: A Csíkszeredai Márton Áron Főgimnázium Évkönyve, az 1994–1995 tanévről. Csíkszereda, 1995).

Szülőfalujában, Kászonjakabfalván 2002. július 7-én az elemi iskola Pataki József nevét vette fel.

A Csíki Székely Múzeumban 2008. november 7-én, a Magyar Tudomány Napján Pataki Józsefre emlékeztek. Az emlékünnepségen elhangzott előadások: Kiss András: Pataki József Kolozsvárra vonatkozó kutatásai; Sipos Gábor: Pataki József, a tanár; Forró Albert: Pataki József Csík- és Kászonszékre vonatkozó munkássága.